استفاده از روغن معدنی (Mineral Oil) در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) یک تکنیک قدیمی است که برای جلوگیری از تبخیر نمونه‌ها در طول سیکل‌های حرارتی متعدد استفاده میشود. افزودن روغن معدنی در دستگاه های قدیمی که دارای درپوش حرارتی یا Heat Lead نیستند، ضروری است اما در دستگاه های جدید هم قابل استفاده است. در ادامه در مورد استفاده از روغن معدنی یا مینرال اویل در PCR با استفاده از دستگاه های جدید صحبت میکنیم.
تبخیر در واکنش PCR
واکنش PCR یک واکنش حرارتی است و سیکل های متعدد دمایی دارد. در مراحل این واکنش دما تا نزدیک 100 درجه میرسد و در این دما اگر از تبخیر جلوگیری نشود، حجم زیادی از مایعات موجود در واکنش تبخیر میشود. در قدیم برای جلوگیری از این تبخیر از روغن معدنی استفاده میشد. با پیشرفت تکنولوژی، امروزه دستگاه های PCR به درپوش های حرارتی مجهز شده اند که با بالا بردن دمای درب ویال، باعث میشوند مایعات درون ویال PCR بعد از تبخیر مجدد به حالت مایع بازگردند.
اما یکی از سوالات همیشگی این است که آیا این سیکل های تبخیر و بازگشت مجدد در غلظت ترکیبات موجود در واکنش PCR بی تاثیر است ؟
بهبود بازدهی PCR با استفاده از روغن معدنی
یکی از گمان ها در مورد واکنش PCR این است که در دستگاه دارای Heatlead هم سیکل های تبخیر و بازگشت مجدد آب اتفاق می افتد و این باعث میشود در هر سیکل میزان مایع موجود در واکنش کم و زیاد شده و این شرایط باعث خروج واکنش از حالت بهینه خود شود. این خروج از حالت بهینه در یک واکنش معمول PCR مشکلی را برای شما ایجاد نخواهد کرد. ست آپ واکنش شما به قدری بهینه شده که با کمی تبخیر و یا برهم خوردن میکس تغییری در آن ایجاد نشود. اما اگر واکنش شما در شرایط بهینه نباشد و به عبارتی از PCR های سخت باشد ممکن است همین مقدار کم نیز برای شما مشکل ساز شود. علاوه بر این ممکن است تیوب مورد استفاده شما نشتی داشته باشد و در دمای بالا بخار آب از آن خارج شود و به همین دلیل طی واکنش مقدار محلول باقی مانده در ویال رو به کاهش باشد.
در این شرایط است که مینرال اویل میتواند بازدهی PCR شما را افزایش دهد. این ماده با قرار گرفتن روی محلول واکنش شما، اجازه ذره ای تبخیر به مایع موجود در واکنش PCR نمیدهد و به همین دلیل مخلوط واکنش همواره در شرایط ست آپ ای که شما تنظیم کرده اید باقی میماند.
اگرچه ممکن است بررسی این مورد به صورت عملی و ارزیابی تاثیر تبخیر در واکنش برای ما امکان پذیر نباشد، اما در صورتی که واکنش PCR شما با مشکلاتی روبرو است که قابل ارزیابی نیست، پیشنهاد میشود استفاده از minteral oil را امتحان کنید.
