برای رسوب اتانولی DNA، هر دو استات سدیم و استات پتاسیم استفاده می‌شوند، اما انتخاب بین این دو به شرایط خاص آزمایش بستگی دارد:
1. استات سدیم (Sodium Acetate):
- مزایا:
- بیشتر رایج است و در بیشتر پروتکل‌های عمومی توصیه می‌شود.
- به راحتی در محلول‌های آبی حل می‌شود.
- معمولاً در pH 5.2 استفاده می‌شود.
- برای بسیاری از نمونه‌های معمول DNA، به ویژه برای اندازه‌های بزرگ‌تر DNA مناسب است.
- کاربردها:
- در رسوب دادن DNA در مقیاس عمومی.
- در پروتکل‌هایی که نیازی به حذف کامل یون‌ها ندارند.
2. استات پتاسیم (Potassium Acetate):
- مزایا:
- برای رسوب دادن پروتئین‌ها و آلاینده‌ها (مثل SDS) مؤثرتر است.
- در حذف کربوهیدرات‌ها یا پلی‌ساکاریدها از نمونه DNA بهتر عمل می‌کند.
- معمولاً در pH 4.8 استفاده می‌شود.
- کاربردها:
- در استخراج DNA از منابع خاص، مثل گیاهان یا نمونه‌هایی با مقدار زیاد کربوهیدرات.
- زمانی که پروتئین‌های همراه DNA باید به طور کامل حذف شوند.
کدام را انتخاب کنیم؟
- اگر در یک پروتکل استاندارد کار می‌کنید و رسوب DNA از یک محلول خالص مورد نظر است، استات سدیم کفایت می‌کند.
- اگر با نمونه‌های پیچیده (مانند گیاهان یا باکتری‌هایی با پلی‌ساکارید بالا) سر و کار دارید، استات پتاسیم انتخاب بهتری است.
همچنین، استفاده از اتانول 70% برای شستشوی نهایی DNA توصیه می‌شود تا هرگونه نمک باقی‌مانده حذف شود.
