FLT3 یکی از ژن های مهم دخیل در سرطان های خونی است. جهش های مشخصی از این ژن هستند که مسئول بروز بیماری های خونی هستند.
موتاسیون رایج در FLT3 شامل تکرار تاندم داخلی (ITD) بین اگزون‌های ۱۴ و ۱۵ در دامنه یوکستاممبران است، که از نظر طول و موقعیت در بیماران مختلف متفاوت است. تغییر شکل‌گیری ناشی از بخش تکراری FLT3-ITD مسئول برداشتن مانع استریک (محدودیت فضایی) است که معمولاً دیمریزاسیون بدون تحریک لیگاند را مسدود می‌کند، و با این کار، سایت‌های مختلف درون دامنه‌های کیناز تیروزین را فاش می‌سازد که منجر به خود فسفریلاسیون آن می‌شود. تأثیر اصلی FLT3-ITD، ارتباط آن با شمارش بالای بلاست‌ها، افزایش خطر عود و کاهش بقا است.
دومین نوع رایج موتاسیون در FLT3، موتاسیون‌های جایگزینی در اگزون ۲۰ حلقه فعال‌سازی (A-loop) در دامنه کیناز تیروزین (TKD) است. تقریباً تمام این موتاسیون‌ها شامل جایگزینی یک آسپارتات با یک تیروزین در کودون ۸۳۵ (D835Y) از طریق یک جهش نقطه‌ای (GAT→TAT) می‌باشند. آسپارتات در موقعیت ۸۳۵ به دامنه DFG (آسپارتات-فنیل‌آلانین-گلیسین) در A-loop تعلق دارد و نقش کلیدی در جلوگیری از پیوند مؤثر ATP دارد، قادر به اتخاذ شکل باز (فعال) یا بسته (غیرفعال) است. این موتاسیون‌ها تغییر شکلی در پروتئین ایجاد می‌کنند که تعادل انرژی لازم برای پایدار سازی شکل بسته را بر هم می‌زند و عملکرد خودتنظیمی آن را از بین می‌برد که منجر به فعال‌سازی دائمی آن می‌شود.
